1. Autorizar la vinculación, desvinculación y reemplazo de motonaves.

2. Establecer las zonas con vocación acuícola.

3. Implementar las medidas para el manejo y regulación del ejercicio de la actividad pesquera y acuícola en el país.

4. Formular, preparar y desarrollar los planes, programas, proyectos y procedimientos tendientes a regular el manejo y el ejercicio de la actividad pesquera y acuícola.

5. Determinar los requisitos y trámites para el otorgamiento de permisos de la actividad pesquera en las fases de extracción, procesamiento, comercialización y producción, así como los permisos de importación y exportación de los productos y sus patentes.

6. Proponer los ajustes a la reglamentación de la actividad pesquera, para compatibilizarla con los marcos legales nacionales y sectoriales.

7. Expedir los salvoconductos o Guías de movilización de productos pesqueros dentro del territorio nacional.

8. Expedir los certificados de captura e importación indirecta.

9. Otorgar los permisos de pesca, de acuerdo con la normativa vigente.

10. Desarrollar actividades de capacitación y divulgación de la reglamentación y normatividad en cuanto al uso de los recursos, tallas mínimas, vedas, artes y métodos pesqueros en coordinación con autoridades civiles y militares.

11. Coordinar la ejecución de las políticas de fomento de la actividad pesquera y acuícola en Colombia y la asignación de los apoyos económicos a los proyectos priorizados, según las directrices del Director General.

12. Prestar asistencia técnica pesquera y acuícola a los usuarios, como mecanismo para transferir tecnología.

13. Coordinar la ejecución de sus funciones con las asignadas a las Direcciones Operativas a través de la Dirección General.

14. Apoyar el desarrollo y sostenimiento del Sistema Integrado de Gestión Institucional de la Autoridad Nacional de Acuicultura y Pesca –AUNAP.

15. Las demás que le sean asignadas de acuerdo con la naturaleza de la dependencia.